В музее работают 4 зала, в каждом установлены экспозиции, отражающие разные периоды истории. Во первом из залов представлен период с 16 по 17 век. Во втором – преобразования в градостроении, индустриальные перемены в последующие периоды. Третий зал – Уфа современного периода и СССР.

В этой экспозиции нашли отражение события, происходившие в 20 веке. В четвертом зале – выставка под названием «Город, устремленный в будущее», где можно ознакомиться с перспективами его развития вплоть до 2050 года.

В фонде музея хранится около 900 экспонатов, которые непосредственно относятся к истории города Уфы. Также почти 2000 предметов состоят на временном хранении.